การผลิตข้าวอินทรีย์สามารถทำได้แต่เกษตรกรไม่นิยม เนื่องจากเคยชินกับการปลูกแบบเคมี และไม่มีหน่วยงานใดเข้าไปทำความเข้าใจการปลูกข้าวแบบอินทรีย์ที่ถูกต้อง และไม่มีตลาดรองรับอย่างเป็นระบบ จนกระทั่งปี 2547 ศูนย์วิจัยข้าวพิษณุโลก จึงแนะนำเกษตรกรในพื้นที่ปลูกข้าวนาน้ำฝน โดยแนะนำเทคโนโลยีที่เกษตรกรสามารถปฏิบัติได้ดังนี้
1. พันธุ์ข้าวและเมล็ดพันธุ์
พันธุ์ข้าวที่ใช้ตามความต้องการของตลาด คือ ขาวดอกมะลิ 105 และ กข15 ระยะแรกใช้เมล็ดพันธุ์จากศูนย์วิจัยข้าวพิษณุโลก แนะนำและฝึกอบรมการปลูกข้าวเพื่อทำเมล็ดพันธุ์ให้แก่กลุ่มเกษตรกร
2. การเตรียมดินและวิธีปลูก
ส่วนใหญ่เกษตรกรปลูกโดยวิธีหว่านข้าวแห้ง เตรียมดินด้วยรถแทรกเตอร์ไถดะ และไถแปรในเดือนมีนาคม-เมษายน หว่านเมล็ดพันธุ์ข้าวประมาณ 20 กก./ไร่ แล้วคราดกลบ วิธีหว่านน้ำตมเริ่มต้นเตรียมดินและปลูกในเดือนมิถุนายน-กรกฎาคม ส่วนวิธีปักดำตกกล้าในเดือนมิถุนายน-กรกฎาคม แล้วปักดำในเดือนกรกฎาคม- สิงหาคม
3. การจัดการความอุดมสมบูรณ์ของดิน
แนะนำให้มีการไถกลบตอซังข้าว นำฟางข้าวมาทำเป็นปุ๋ยหมักผสมกับปุ๋ยคอกแล้วนำกลับไปใส่ในนา ด้านปุ๋ยพืชสด แนะนำให้ปลูกโสนอัฟิกัน ถั่วเขียวและปอเทือง หว่านเมล็ดตั้งแต่กลางเดือนเมษายน
4. การควบคุมน้ำและวัชพืช
การทำนาดำช่วยควบคุมวัชพืชได้ แต่ในพื้นที่นาลุ่มที่วัชพืชไม่รุนแรง สามารถทำนาหว่านข้าวแห้งร่วมกับถั่วเขียวในบางปี ช่วยลดต้นทุนค่าแรงงานได้ดี การรักษาระดับน้ำในนาให้พอดีกับการเจริญเติบโตของข้าว สามารถควบคุมวัชพืชได้
5. การป้องกันกำจัดโรค แมลงและสัตว์ศัตรูข้าว
แมลงศัตรูข้าวที่สำคัญแมลงบั่ว เพลี้ยกระโดดสีน้ำตาล เพลี้ยจักจั่นสีเขียว หนอนห่อใบข้าว หนอนกอ หนอนม้วนใบ แมลงสิง แนะนำให้เกษตรกรหมั่นตรวจและทำความสะอาด หากพบการระบาดให้ใช้สารสกัดจากพืช เช่น ตะไคร้หอม สะเดาในระยะแรกของการเจริญเติบโตของข้าว มีปู และหอยเชอรี่ ซึ่งเกษตรกรแก้ไขโดยการลดระดับน้ำในนา จับมาบริโภคหรือทำน้ำหมักชีวภาพ และใส่ต้นพืช เช่น โล่ติ้นหรือหางไหลกำจัด โรคไหม้ โรคขอบใบแห้ง โรคเมล็ดด่างที่จะรุนแรงในบางปีและไม่ป้องกันกำจัดเช่นกัน อย่างไรก็ตาม จากการสังเกตพบว่า ต้นข้าวอินทรีย์ที่ไม่ได้รับปุ๋ยเคมี มีความแข็งแรงและทนทานต่อโรคไหม้ได้ดีกว่าข้าวที่ใส่ปุ๋ยเคมี ข้าวที่ปลูกแบบหว่านข้าวแห้งมีการทำลายของแมลงบั่วน้อยกว่าข้าวนาดำ รวมทั้งสังเกตเห็นการเพิ่มขึ้นของศัตรูธรรมชาติในนา เช่น แมลงปอ ด้วงเต่า แตนเบียน เป็นต้น
6. การจัดการก่อนและหลังเก็บเกี่ยว
คุณภาพของข้าวได้รับผลกระทบจากขั้นตอนนี้มาก โดยเฉพาะจากการตกของฝนช่วงก่อน – หลังการเก็บเกี่ยว อย่างไรก็ตาม การจัดการแบบดั้งเดิมก็ใช้ได้ผลดี คือ ระบายน้ำออกนาให้แห้งพอดีในช่วงที่ข้าวสุกแก่ ใช้คนเก็บเกี่ยวแล้วตากสุ่มซัง 3-4 วัน หลังจากนั้นนำมารวมกองไว้รอคนนวดหรือใช้เครื่องนวด กองไว้ได้นานกว่า 30 วัน โดยข้าวยังคงมีคุณภาพดี การใช้เครื่องนวดข้าวจะต้องระวังกรณีที่เปลี่ยนจากข้าวเหนียวเป็นข้าวเจ้า เพราะจะเกิดการปนของข้าวที่ติดอยู่ในเครื่องนวด จึงต้องเป่าหรือล้างทำความสะอาดเครื่องนวดก่อน ข้าวเปลือกที่ได้จะมีความชื้นเฉลี่ย 13-15 % ตามมาตรฐาน นำไปเก็บรักษาในยุ้งฉางหรือใส่กระสอบป่านที่ทำความสะอาดและคัดชิ้นส่วนข้าวที่ติดมากับกระสอบเดิมแล้ว ทั้งนี้ จะต้องติดรหัสของนาข้าวหรือของเกษตรกรที่กระสอบข้าวด้วย
ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2549 เป็นต้นมา มีการปลูกข้าวอินทรีย์ในนาที่สนามบินของบริษัทบางกอกแอร์เวย์ อ.ศรีสำโรง จ.สุโขทัย โดยปลูกข้าวสี (color rice) และข้าวขาวอินทรีย์ ส่งจำหน่ายในตลาดเฉพาะ (nitch market) ของบริษัทฯ
